がんエピゲノム解析セミナー
Galaxyとエクセルを用いてエピゲノム情報の解析原理と基本ステップを学ぶセミナーを月に１度開催しています。
公開セミナーですので、講座外・学外の方含めてどなたでもご参加いただけます。
内容：Galaxyとエクセルを用いてエピゲノム情報の解析原理と基本ステップを学ぶ
※演習時は無線LAN通信が可能なノートPCをご持参ください。OSやウイルス対策ソフトの定義、ソフトウエアのアップデートは各自で済ませてから演習用の無線LANに接続してください。
連絡先 福世真樹
fukuyo◎chiba-u.jp
予定
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2022年度
がんエピゲノム解析セミナー2022
第1回 NGS解析の原理と基礎
医学研究院分子腫瘍学 助教 岡部篤史
令和4年4月28日 17:00〜18:00
オンライン開催
参加希望の方は下記メールにご連絡下さい。
aokabe@chiba-u.jp
2020年度
第46回 4/21(火) 15:00~16:00 講義
講師 岡部
NGS解析の原理と基本
第47回 4/23(木) 15:00~16:00 演習
講師 岡部
Galaxyを用いたChIP-seq解析～基本編～
第48回 4/27(月) 15:00~16:00 演習
講師 岡部
Galaxyを用いたChIP-seq解析～応用編～
第49回 6/25(木) 17:00~18:00 演習
講師 福世
Galaxy:edgeRを用いたDEG解析～
第50回 7/30(木) 17:00~18:00 演習
講師 福世
Jupyterを用いたR解析入門~Violin Plot編~
第51回 8/20(木) 17:00~18:00 演習
講師 福世
Jupyterを用いたR解析入門~カプランマイヤー曲線編~
第52回 8/27(木) 17:00~18:00 演習
講師 美馬，福世
Galaxy:Volcano_pltを用いた解析，Jupyterを用いたR解析入門~Volcano Plot編~
第53回 9/24(木) 17:00~18:00 演習
講師 福世
統計解析基礎
第54回 10/29(木) 17:00~18:00 演習
講師 福世
階層的クラスタリング基礎
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日程
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形式
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セミナー内容
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講師
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第35回
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5/31（金）
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講義
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NGS解析の概要
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岡部
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第36回
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6/28（金）
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演習
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Galaxyを用いたChIP-seq解析～基本編～
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岡部
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第37回
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7/26（金）
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演習
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Galaxyを用いたChIP-seq解析～応用編～
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岡部
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第38回
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7/26（金）
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演習
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Galaxyを用いたChIP-seq解析～応用編～
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岡部
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第39回
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8/1（木）
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演習
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正規表現入門
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福世
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第40回
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8/1（木）
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演習
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コマンドライン入門
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福世
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第41回
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8/1（木）
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演習
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コマンドでのChIP-seq解析1
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岡部
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第42回
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8/8（木）
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演習
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コマンドでのChIP-seq解析2
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岡部
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第43回
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8/15（木）
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演習
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perl入門
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福世
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第44回
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11/20（水）
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セミナー
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新パイプラインの説明
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福世
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第45回
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12/13（金）
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セミナー
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『もっと身近にシングルセル解析
～組織・細胞集団での理解から細胞レベルでの理解へ～』
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ジーンウィズ 加藤、
レリクサ 内海
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第46回
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3/26（木）
17:00～
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セミナー
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Galaxyを用いた生存時間解析・ROC解析
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黒川
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日程
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形式
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セミナー内容
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講師
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第25回
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4/27（金）
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演習
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エクセル解析演習
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(取りまとめ)福世
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第26回
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5/25（金）
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講義
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NGS解析の概要
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岡部
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第27回
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6/29（金）
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演習
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RNA-seq解析の原理と基礎
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岡部
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第28回
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7/27（金）
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演習
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ChIP-seq解析の原理と基礎
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岡部
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第29回
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8/31（金）
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講義
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ゲノム変異解析の原理と基礎
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福世
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第30回
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10/27（金）
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演習
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Rによる統計解析演習
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福世
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第31回
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11/22（木）
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セミナー
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Artificial intelligence (AI) versus cancer
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Alexander Kel
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第32回
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12/21（金）
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演習
(in
English)
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The basic of NGS analysis
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岡部
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第33回
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1/25（金）
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講義
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データベース(NCBI)の使い方とデータ登録方法
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福世
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第34回
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3/15（金）
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講義
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Infiniumメチル化アレイ解析の基礎
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中川
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日程
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形式
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セミナー内容
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講師
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第14回
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4/28（金）
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講義
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エピゲノムの概要
エピゲノム解析手法について
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岡部
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第15回
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5/26（金）
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講義+演習
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特定領域におけるエピゲノム解析
（プライマー作成、データの可視化）
パイロシーケンスによるメチル化解析・ChIP-PCRによるヒストン修飾解析
来週以降の演習の準備
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高根、杉浦、福世
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第16回
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6/30（金）
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演習
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Galaxyを用いた次世代シーケンス解析基礎
（ファイル形式、可視化、クオリティチェック、マッピング）
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福世
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第17回
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7/28（金）
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演習
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RNA-seqデータの解析法
（マッピング、FPKM計算）
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浅川
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第18回
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8/25（金）
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演習
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ChIP-seqデータ解析
（マッピング、ピークコール、定量、ブラウザでの可視化）
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岡部
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第19回
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9/22（金）
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演習
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bedtoolsを使ったNGSデータの統合解析
（遺伝子アノテーションなど）
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岡部
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第20回
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10/27（金）
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演習
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RNA-seq, Infiniumデータの可視化
（Galaxyを用いたクラスタリング、box plotなどグラフ化)
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福世
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第21回
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11/24（金）
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演習
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Infiniumデータの解析法
（プローブの抽出、1遺伝子1プローブの選び方、クラスタリング）
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松坂
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第22回
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12/22（金）
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演習
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RNA-seq, Infinium, ChIP-seqデータの統合解析
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岡部
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第23回
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1/26（金）
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講義+演習
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統計解析基礎1
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福世
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第24回
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2/16（金）
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講義+演習
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統計解析基礎2
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福世
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第13回 2017.3.30
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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クラスタリングの仕方・CIP-seqの補正の仕方
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第12回 2017.2.23
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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統計解析基礎
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第11回 2017.1.26
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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Infiniumデータ解析実習
(ExcelのインストールされたノートPCを持参ください)
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第10回 2016.12.15
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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ChIP-seq解析実習3
(ノートPCを持参ください)
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第9回 2016.11.10
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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ChIP-seq解析実習2
(ノートPCを持参ください)
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第8回 2016.10.27
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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ChIP-seq解析実習1
(ノートPCを持参ください)
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第7回 2016.9.8
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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RNA-seq解析の基礎と応用１
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第6回 2016.8.4
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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Galaxy版HOMERを用いたChIP-seqデータ解析実習2
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第5回 2016.7.28
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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Galaxy版HOMERを用いたChIP-seqデータ解析実習1
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第4回 2016.6.9
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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Galaxyの使い方
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第3回 2016.6.2
AM11:00-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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ChIP-seq解析(HOMER), RNA-seq解析
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第2回 2016.5.12
AM11:30-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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NGS解析基礎(原理、ファイル形式)
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第1回 2016.4.28
AM11:30-AM12:00
@医学部２階西南セミナー室
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Virtualboxを用いたbio-linux環境の構築
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