千葉大学大学院医学薬学府の沿革は1874年、当時の千葉町近在の有志による共立病院の設立に遡ります。1882年に県立千葉医学校、1887年の高等中学校令に伴い第一高等中学校医学部が設置され、1890年に第一高等中学校医学部医学科と薬学科が並立されました。1923年の官立医科大学官制改正により千葉医科大学に昇格し附属医学専門部と附属薬学専門部を経て、1949年、国立学校設置法の公布により千葉大学医学部と薬学部になりました。1955年に大学院医学研究科博士課程、1964年と1979年に大学院薬学研究科修士課程と博士課程、2005年に医学系修士課程が設置されました。

2001年の大学院重点化により大学院医学研究科と薬学研究科を改組し、医学と薬学が融合した大学院教育組織である大学院医学薬学府が全国で初めて発足しました。

これまで21世紀COEプログラム「消化器扁平上皮癌の最先端多戦略治療拠点」（2003年採択）、グローバルCOEプログラム「免疫システム統御治療学の国際教育研究拠点」（2008年採択）、博士課程教育リーディングプログラム「免疫システム調節治療学推進リーダー養成プログラム」（2012年採択）、卓越大学院プログラム「革新医療創生CHIBA卓越大学院」（2019年採択）などの大型大学院教育・研究プログラムを実施しています。